При неправильном выключении компьютера при последующей загрузке ОС запускается ScanDisk, но в нем установлен флажок "Автоматически исправлять ошибки", причем флажок этот затемнен, и снять его невозможно. В результате приходится вообще отключать эту проверку, иначе высок риск неверных изменений таблицы FAT - пользователь не может контролировать процесс исправления каждой ошибки!

Чтобы отключить автоисправления, найдите следующий ключ:
HKEY_USERS\.DEFAULT\SOFTWARE\Microsoft\ Windows\CurrentVersion\Applets\Check Drive
и установите следующий параметр:
AutoChk = 02 00 00 00

Для возврата автоматического режима ставьте
AutoChk = 00 00 00 00