Если Вам требуется последовательно запускать несколько программ Windows, то Вы можете написать для этого .bat файл. Используйте команду START с ключом /W. Например создайте текстовый файл со следующим текстом:

@START /W /MAX "C:\WINDOWS\SCANDSKW.EXE /A /N"
@START /W /MAX "C:\WINDOWS\DEFRAG.EXE /ALL /F /NOPROMPT"

И сохраните его как 1.bat (обратите внимание на кавычки!). Кроме /W, Вы можете использовать следующие ключи:
/M Запускает программу минимизированно
/MAX Запускает программу, развернув на весь экран
/R Запускает программу в окне (используется по умолчанию)



Передача параметров в bat-файл.
Для того чтобы bat-файл можно было запускать с какими-то параметрами надо в том месте файла, куда вы хотите добавить параметр, набрать %1 - для первого параметра, %2 - для второго и т.д.
Например (файл test.bat):

/тут идут какие-то
/.....
/подготовительные работы
rar m file%1

Теперь если вы запустите этот файл командой "test.bat 0001", то у вас будет создан файл с именем file0001.rar